В сентябре климат в Кангирсуке можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кангирсуке 11 пасмурных, 10 дождливых, 6 с переменной облачностью и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и декабре Кангирсук cчитается местом, некомфортным для посещения.