В сентябре климат на Ян-Майене можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре на Ян-Майене 23 дождливых, 6 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, мае, августе и октябре Ян-Майен cчитается местом, некомфортным для посещения.