В июне климат в Джексонвилле можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 28 градусов тепла. В среднем в июне в Джексонвилле 12 дождливых, 11 ясных, 6 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и ноябре Джексонвилл cчитается местом, некомфортным для посещения.