Сентябрь в Горно-Алтайске — самый солнечный месяц в году. В сентябре климат в Горно-Алтайске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 17 градусов тепла. В среднем в сентябре в Горно-Алтайске 13 дождливых, 11 ясных, 4 с переменной облачностью и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные.