В июне климат в Горно-Алтайске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Горно-Алтайске 11 ясных, 10 с переменной облачностью, 8 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в августе Горно-Алтайск cчитается местом, комфортным для посещения.