В сентябре климат в Эль-Фао можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 40 градусов тепла. В среднем в сентябре в Эль-Фао 30 ясных дней. В сентябре, а также в июне, июле и августе Эль-Фао cчитается местом, некомфортным для посещения.