В сентябре климат в Енисейске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Енисейске 14 дождливых, 8 пасмурных, 5 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Енисейск cчитается местом, некомфортным для посещения.