Сентябрь в Котону — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Котону можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 27 градусов тепла. В среднем в сентябре в Котону 28 дождливых, 1 ясный и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в марте, мае, июне и июле Котону cчитается местом, некомфортным для посещения.