В сентябре климат в Чойбалсане можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Чойбалсане 21 ясный, 8 с переменной облачностью и дождливый день. Дожди преимущественно слабые.