Июнь в Чачапоясе — самый солнечный месяц в году. В июне климат в Чачапоясе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 17 градусов тепла. В среднем в июне в Чачапоясе 23 дождливых, 6 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Чачапояс cчитается местом, некомфортным для посещения.