В апреле климат в Чачапоясе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в апреле 18 градусов тепла. В среднем в апреле в Чачапоясе 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В апреле, а также в январе, феврале, марте и мае Чачапояс cчитается местом, некомфортным для посещения.