В сентябре климат Большие Мотыкалы можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 17 градусов тепла. В среднем в сентябре Большие Мотыкалы 12 дней с переменной облачностью, 9 ясных, 6 дождливых и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые.