В сентябре климат в Бильбао можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 21 градус тепла. В среднем в сентябре в Бильбао 14 дней с переменной облачностью, 11 ясных и 5 дождливых дней. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в августе Бильбао cчитается местом, комфортным для посещения.