В сентябре климат в Байкальске можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Байкальске 14 дождливых, 9 ясных, 4 пасмурных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, мае и декабре Байкальск cчитается местом, некомфортным для посещения.