В сентябре климат в Баргузине можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 8 градусов тепла. В среднем в сентябре в Баргузине 18 дождливых, 7 ясных, 3 с переменной облачностью и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Баргузин cчитается местом, некомфортным для посещения.